重庆交通大学在拱桥修建技术、内河通航及港口航道建设等领域居于世界领先水平。先后获得国家科技进步一等奖1项、二等奖7项、三等奖2项，国家发明四等奖1项以及茅以升科学技术最高奖——“中国桥梁大奖”；获省部级科技进步奖220多项。承担了一批“973计划”前期项目、“863计划”项目、国家科技支撑计划、国家重大科技攻关项目、国家自然科学基金项目等，在研各类各层次项目1800多项。

建校以来，学校积极开展科学研究与创新，在西南地区交通和三峡工程建设的重大科技攻关中取得了大量有影响的成果，成功解决了西部地区300多项交通建设关键技术，产生了30多亿元的直接经济效益和巨大的社会效益，如解决了钢管混凝土世界第一跨径拱桥——重庆万县长江大桥的设计与施工关键技术难题，为三峡工程175m水位线决策和施工通航方案论证提供了重要技术支持等。